Манучарова Н.А. Молекулярно-биологические методы в почвоведении и экологии

Учебное пособие. — М.: Университетская книга, 2014. — 68 с.: табл., ил. — ISBN 978-5-91304-341-2.В пособии изложены принципы и методические аспекты применения молекулярных методов для исследования биологических объектов природных экосистем. Обсуждаются вопросы определения биоразнообразия микробного прокариотного комплекса, находящегося в метаболически активном состоянии в исследуемых системах.
Для студентов, аспирантов, преподавателей и научных работников, специализирующихся в области почвенной микробиологии, агрохимии, почвоведении, экологии.Введение.
Выделение ДНК (РНК) из биологического материала.
Выделение ДНК из почвенных образцов.
Выделение ДНК из бактериальной биомассы.
Амплификация фрагментов генетического материала.
Полимеразная цепная реакция (ПЦР).
Стадии полимеразной цепной реакции.
Праймеры.
Разновидности ПЦР.
Факторы, влияющие на точность молекулярных исследований.
Амплификация фрагментов гена 16S рРНК.
Методы определения наличия хитиназного гена группы А у чистых культур микроорганизмов и в почве.
Анализ продуктов амплификации.
Электрофорез.
Приготовление агарозного геля.
Приготовление полиакриамидного геля.
Оценка мониторинга микробных сообществ методами, основанными на использовании ПЦР.
Клонирование.
Идентификация метаболически активных клеток прокариот в почвах с применением молекулярно-биологического флюоресцентномикроскопического метода анализа fluorescence in situ hybridization (FISH).
Отделение бактериальных клеток от элементов почвы.
Фиксация образцов клеток прокариот или почвенных экстрактов.
Нанесение фиксированного образца на стекло.
Гибридизация фиксированных образцов с определенными зондами.
Микроскопирование препаратов, приготовленных с использованием молекулярно-биологического метода (FISH).
Оценка численности метаболически активных представителей доменов Archaea и Bacteria в почвах с хитином и без него при различных температурах.
Идентификация отдельных метаболически активных филогенетических групп домена Bacteria, оценка их численности и биомассы в почвах.
Литература.